LncRNA研究文献解读

近几年,长链非编码RNA(LncRNA)已成为科研领域备受瞩目的研究热点,对应的研究亦发表在多种高水平杂志上,目前LncRNA的文章数量逐步上升,研究模式也逐渐完善,因此,需要发表LncRNA的高水平文章、申请国自然就需要完整的LncRNA的研究体系。本文我们将通过2021年12月发表在nature communications上的一篇文章具体讲解LncRNA研究的思路,帮助你顺利发表高分文章并申请到国自然。

LncRNA研究文献解读

LncRNA研究文献解读

一、研究背景

神经内分泌前列腺癌(NEPC) 是一种高度侵袭性和致死性的前列腺癌 (PCa) 亚型,可从新发或由雄激素剥夺治疗(ADT) 后的转分化前列腺腺癌引起。此外,LncRNA在肿瘤的发生发展中起到了至关重要的作用,亦是肿瘤研究的热点问题。在本文中作者研究了NEPC中具有显著差异的LncRNA,并研究其具体功能,探索其促进肿瘤发生和雄激素剥夺疗法之间的关系。

二、研究内容

Figure 1-2:验证NEPC中表达差异最高的LncRNA,在生物信息水平上验证H19与前列腺癌行为及雄激素受体之间的相关性;

Figure 3:检测H19在NEPC类器官和细胞系模型中的表达与干性的调控(靠热点

Figure 4-5:验证LncRNA的功能与雄激素疗法敏感性之间的关系;

Figure 6-8:详细研究H19诱导组蛋白甲基化的机制(靠热点:表观遗传);

Figure 9:应用于临床诊断与检测,提高意义。

2.1筛选差异表达的LncRNA

研究方法及结果(figure1):

A-B:在不同的临床队列中验证H19在癌旁及不同类型的前列腺癌组织中的表达

E:在前列腺癌中进行H19转录水平的聚类分析,分析前列腺癌中H19与哪些基因相关(靠热点:干性调控

C:数据库进行验证H19与E图中分析的基因的相关性

D:数据库分析:与前列腺癌特征正相关,与雄激素受体负相关(进一步验证与前列腺癌发生行为和雄激素治疗效果的相关性

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Figure1:验证NEPC中表达差异最高的LncRNA,

在生物信息水平上验证H19与前列腺癌行为及雄激素受体之间的相关性

模式1:通过全转录组等方法检测不同组样本中差异表达的LncRNA

模式2:大数据水平验证LncRNA的表达,以及与临床预后的相关性(发生发展,耐药等);

模式3:聚类分析明确可能影响的主要功能并用数据库进行验证,为下文更好的做功能验证做下准备;

2.2在多种模型中验证H19的表达与干性的验证

研究方法及结果:

A-C:分别在临床样本组织,类器官,细胞系中进行H19的表达验证(多模型

K:验证与干性标志物的相关性

L:类器官模型验证H19与前列腺癌干性的调控

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Figure3:检测H19在NEPC类器官和细胞系模型中的表与干性的调控

模式4:在多种模型中验证Figure1中所述表达与干性(最好采用新模型,如类器官

2.3验证H19与前列腺癌行为和雄激素疗法的相关性

研究方法及结果:

A-C:在类器官中验证敲减H19后可抑制前列腺癌的肿瘤学行为

J:验证过表达H19后,前列腺癌细胞对恩杂鲁胺(雄激素治疗)的敏感性变差;

K:过表达H19后雄激素受体AR受恩杂鲁胺的影响减弱;

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Figure4:验证LncRNA的功能与雄激素疗法敏感性之间的关系

模式5:进行基因编辑,验证LncRNA的功能(增殖,转移,耐药等

2.4进一步探索机制:甲基化(靠热点:表观遗传)

研究方法及结果:

A-C:对类器官进行敲减,进行测序检测甲基化基因的改变;

D-E:一些标志性甲基化基因的量的改变(分别在表和图中进行说明

LncRNA研究文献解读

模式6:探讨机制:多可考虑一些测序技术,向表观遗传等方面靠

2.5升华意义:进行诊断性检测

研究方法及结果:

B-C:未治疗和雄激素治疗的患者中不同H19水平与患者生存预后的相关性;

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模式7:LncRNA可作为诊断性的标志物,可于最后将LncRNA的诊断效能进行评估,升华意义。

综上所述,研究LncRNA需要将LncRNA的来龙去脉都研究清楚,并在生物信息学数据库研究其表达和功能,联合多种模型进行验证,前后呼应,完成LncRNA的生物学验证,再采用多组学或者测序技术探究其机制,在机制探究部分需要靠热点(表观遗传,免疫调控,干性调控等),最重要的是,LncRNA的临床实用意义就是实现疾病的诊断检测,结合临床样本进行样本验证与预测,完成闭环,发表高分文章,申请国自然。

文章来源于i生信,作者SCIX

版权声明:Robin 发表于 2022年3月24日 下午4:24。
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