近几年，长链非编码RNA（LncRNA）已成为科研领域备受瞩目的研究热点，对应的研究亦发表在多种高水平杂志上，目前LncRNA的文章数量逐步上升，研究模式也逐渐完善，因此，需要发表LncRNA的高水平文章、申请国自然就需要完整的LncRNA的研究体系。本文我们将通过2021年12月发表在nature communications上的一篇文章具体讲解LncRNA研究的思路，帮助你顺利发表高分文章并申请到国自然。
神经内分泌前列腺癌(NEPC) 是一种高度侵袭性和致死性的前列腺癌 (PCa) 亚型，可从新发或由雄激素剥夺治疗(ADT) 后的转分化前列腺腺癌引起。此外，LncRNA在肿瘤的发生发展中起到了至关重要的作用，亦是肿瘤研究的热点问题。在本文中作者研究了NEPC中具有显著差异的LncRNA，并研究其具体功能，探索其促进肿瘤发生和雄激素剥夺疗法之间的关系。
Figure 1-2：验证NEPC中表达差异最高的LncRNA，在生物信息水平上验证H19与前列腺癌行为及雄激素受体之间的相关性；
Figure 3：检测H19在NEPC类器官和细胞系模型中的表达与干性的调控（靠热点）
Figure 4-5：验证LncRNA的功能与雄激素疗法敏感性之间的关系；
Figure 6-8：详细研究H19诱导组蛋白甲基化的机制（靠热点：表观遗传）；
Figure 9：应用于临床诊断与检测，提高意义。
2.1筛选差异表达的LncRNA
研究方法及结果（figure1）：
A-B：在不同的临床队列中验证H19在癌旁及不同类型的前列腺癌组织中的表达
E：在前列腺癌中进行H19转录水平的聚类分析，分析前列腺癌中H19与哪些基因相关（靠热点：干性调控）
C：数据库进行验证H19与E图中分析的基因的相关性
D：数据库分析：与前列腺癌特征正相关，与雄激素受体负相关（进一步验证与前列腺癌发生行为和雄激素治疗效果的相关性）
Figure1：验证NEPC中表达差异最高的LncRNA，
在生物信息水平上验证H19与前列腺癌行为及雄激素受体之间的相关性
模式1：通过全转录组等方法检测不同组样本中差异表达的LncRNA；
模式2：大数据水平验证LncRNA的表达，以及与临床预后的相关性（发生发展，耐药等）；
模式3：聚类分析明确可能影响的主要功能并用数据库进行验证，为下文更好的做功能验证做下准备；
2.2在多种模型中验证H19的表达与干性的验证
研究方法及结果：
A-C：分别在临床样本组织，类器官，细胞系中进行H19的表达验证（多模型）
K：验证与干性标志物的相关性
L：类器官模型验证H19与前列腺癌干性的调控
Figure3：检测H19在NEPC类器官和细胞系模型中的表与干性的调控
模式4：在多种模型中验证Figure1中所述表达与干性（最好采用新模型，如类器官）
2.3验证H19与前列腺癌行为和雄激素疗法的相关性
研究方法及结果：
A-C：在类器官中验证敲减H19后可抑制前列腺癌的肿瘤学行为
J：验证过表达H19后，前列腺癌细胞对恩杂鲁胺（雄激素治疗）的敏感性变差；
K：过表达H19后雄激素受体AR受恩杂鲁胺的影响减弱；
Figure4：验证LncRNA的功能与雄激素疗法敏感性之间的关系
模式5：进行基因编辑，验证LncRNA的功能（增殖，转移，耐药等）
2.4进一步探索机制：甲基化（靠热点：表观遗传）
研究方法及结果：
A-C：对类器官进行敲减，进行测序检测甲基化基因的改变;
D-E：一些标志性甲基化基因的量的改变（分别在表和图中进行说明）
模式6：探讨机制：多可考虑一些测序技术，向表观遗传等方面靠
2.5升华意义：进行诊断性检测
研究方法及结果：
B-C：未治疗和雄激素治疗的患者中不同H19水平与患者生存预后的相关性；
模式7：LncRNA可作为诊断性的标志物，可于最后将LncRNA的诊断效能进行评估，升华意义。
综上所述，研究LncRNA需要将LncRNA的来龙去脉都研究清楚，并在生物信息学数据库研究其表达和功能，联合多种模型进行验证，前后呼应，完成LncRNA的生物学验证，再采用多组学或者测序技术探究其机制，在机制探究部分需要靠热点（表观遗传，免疫调控，干性调控等），最重要的是，LncRNA的临床实用意义就是实现疾病的诊断检测，结合临床样本进行样本验证与预测，完成闭环，发表高分文章，申请国自然。
文章来源于i生信，作者SCIX
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