单基因在线数据库简单分析还能发SCI么?这篇6分+文章给你答案

今天和大家解读一篇20208月发表在Genomics上的单基因纯生信文章,影响因子6.205。文章题目为:Prognostic significance of ARL9 and its methylation in low-grade gliomaARL9及其甲基化在低级别胶质瘤中的预后意义。这篇文章作者主要针对ARL9的表达水平,甲基化和免疫浸润进行分析,全文不涉及一点实验。

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目前,从2020年的整体生信发文趋势来看,单基因生信分析不加实验验证发高分是有一定难度的,那么这篇文章有何特别之处呢?抛开文章内容不谈,这本对生信类文章友好的期刊Genomics还是饱受争议的,2018年影响因子只有3.16,2019年一下子蹿到6.205。笔者分析主要原因有两个,首先,期刊的主要高引文章都出自主编大牛KC Chou(周国城)之手;其次,2017和2018年发文数量均保持在60篇左右。随着期刊发文量不断增加,明年这本期刊是否依然能稳居6分+,确实要打上一个问号。

回到正题,我们一起来学习一下这篇文章吧。

研究背景


低级别胶质瘤(LGG)是最常见的原发性脑恶性肿瘤,LGG 在肿瘤生物学行为方面存在高度异质性(首先介绍疾病背景)。ADP核糖基化因子(ARF)家族隶属于RAS超家族,在胶质瘤的发病和转移中起致癌作用,其新成员ARL9在LGG中的作用尚无研究报道(其次介绍目标基因)。

结果解读

1. TCGA数据库中ARL9表达和甲基化的临床和预后价值

在这一部分,作者共利用两个在线数据库。首先利用GEPIA在线数据库分析了TCGA中518个LGG组织和207个正常组织中ARL9的表达水平(图1A);其次,利用Rembrandt在线数据库进一步验证,Rembrandt数据库是一个专门的脑部肿瘤的数据库(图1B)。结果显示LGG中ARL9显著低表达。

随后,对ARL9的表达量与其DNA甲基化(24个CpG位点)水平进行了关联分析,结果显示两者显著负相关(图1CD)。24个ARL9 CpG位点的分布如图1E所示。

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图1

利用Pearson相关分析,确定甲基化与ARL9 mRNA表达最密切相关的ARL9 CpG位点。如图2所示,选择最相关的CpG位点。研究这些显著的ARL9 DNA CpG位点在LGG患者中的预后价值。Kaplan-Meier图显示,在LGG患者中,CpG位点的高甲基化水平不仅与更有利的OS相关(图2A-J),而且与更好的PFS相关(图2K-T)。

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图2

将TCGA中LGG患者按ARL9表达或ARL9甲基化的中值分为低亚组和高亚组。采用卡方检验来研究ARL9表达和ARL9甲基化与临床特征的相关性。结果显示ARL9的表达与年龄(P < 0.0001)、组织学类型(P = 0.0282)、肿瘤家族史(P = 0.0473)、分子亚型(P < 0.0001)、放疗(P = 0.0015)、生存状态(P = 0.002)和ARL9甲基化(P < 0.0001)密切相关。ARL9甲基化水平受性别(P = 0.0391)、组织学类型(P = 0.0351)、分子亚型(P < 0.0001)、放疗(P = 0.0412)、生活状态(P = 0.0225)和ARL9表达水平(P < 0.0001)的影响。

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表1

2. 基于CGGA数据库的ARL9表达的临床和预后意义

作者采用非参数检验比较了年龄、性别、癌症类型、WHO分级、1p19q codel和IDH1 -突变组的ARL9 mRNA表达差异。按WHO等级(P = 0.0061)、 1p19q codeletion (P <0.001)与IDH1-突变(P <0.001)分层的各组ARL9 mRNA表达差异显著,这表明ARL9 mRNA表达与一系列有意义的临床参数密切相关。而ARL9 mRNA表达与年龄、性别和癌症类型无相关性。

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图3

3. ARL9表达的荟萃分析和预测性能

由于之前没有研究报道LGG患者中ARL9低表达与OS之间的关系,作者对四个不同数据集进行了荟萃分析。(这一部分需要注意的是,CGGA数据库从2020.07月已经把TCGA和REmbrandt的数据放到里面了。所以数据别用重复了)。1367例LGG患者低ARL9表达与OS之间的合并HR及95% CI为0.57(0.49 0.67),4个数据集之间无显著异质性(图4)。因此,我们可以自信地得出结论,低ARL9表达是LGG患者良好OS的一个强有力的预测因子。

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图4

4.ARL9与免疫细胞和PD-L1的关系

利用TIMER数据库估计ARL9 mRNA表达与免疫细胞浸润的相关性。如图5所示,结果显示ARL9表达在LGG中与T细胞(一般图5A)、CD8 + T细胞(图5B)、B细胞(图5C)、树突细胞(图5B)、树突状细胞(图5 D)、M1细胞(图5E)、M2细胞(图5F)、Th1细胞(图5G)、Th2细胞(图5H)和Treg细胞(图5I)等大多数免疫标记显著相关。

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图5

5. 神经胶质瘤中ARL9相关信号通路的研究

为了深入了解ARL9在胶质瘤中的功能作用,我们利用GlioVis数据库来确定潜在的生物学过程。选择Rembrandt数据集进行基因本体论,结果如图6所示。

ARL9参与细胞外结构组织、细胞外基质组织、骨骼系统发育、胶质细胞发生、成骨细胞分化、胶质细胞分化等通路。值得注意的是,ARL9参与胶质细胞的发生和分化,ARL9的异常表达可能导致胶质瘤的发生和发展。

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图6

结论

ARL9在LGG中下调,且在LGG中被DNA甲基化负调控。低ARL9表达或ARL9高甲基化均可预测LGG患者良好的预后。此外,ARL9表达可能参与T细胞、B细胞和巨噬细胞的调控。因此,被DNA甲基化负调控的ARL9可能在免疫细胞浸润中发挥重要作用,且在LGG患者中可能是一种很有前途的预后生物标志物。

版权声明:Robin 发表于 2022年3月7日 pm7:20。
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