文献解读,KLF7:高级别浆液性卵巢癌新的候选生物标志物和治疗靶点

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这是一篇biomarker的生信文章,,也有很多实验验证。

癌症类型:高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)

问题:发病机制不清楚,高异质性和化疗后复发耐药

解决问题:需要进一步研究参与肿瘤进展的分子机制,以寻找新的疾病管理靶点。

基因:Kruppel-like factors (KLFs),是一类转录调节因子,控制着几个基本的细胞过程,包括增殖、分化和迁移。它们已被证明在各种与癌症相关的过程中发挥作用,以一种环境依赖的方式。

方法:为了研究KLF家族成员作为预后标志物的可能作用,作者对不同队列的晚期HGSOC患者的卵巢转录组数据集进行了生物信息学分析。利用HGSOC体外细胞模型进行功能研究,探讨KLF7在疾病发展和进展中的作用。最后,通过分子建模和虚拟筛选来确定公认的KLF7抑制剂。


分析数据集:GEO(GSE26712、GSE49997、GSE9891)和TCGA-OV RNAseq数据。

结果:

首先是对GSE26712和TCGA-OV数据集的临床信息进行统计。

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对卵巢癌转录组数据集的生物信息meta分析表明,在17个家族成员中,KLF7是最重要的预后基因。同时利用了cox回归进行校正。并分析了KLF7表达水平与生存期有关。

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Cox回归分析证实KLF7可以作为一个预测因子。

WB检测KLF7在HGSOC细胞系中的表达水平,KLF7敲低后抑制HGSOC细胞的增殖。这里就是一个WB和RNA干扰实验。

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除了检测增殖,还检测了其他表型,干扰KLF7后抑制HGSOC细胞的迁移和侵袭,就得到了figure3。

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同样的,检测了EMT(epithelial-mesenchymal transitions)相关基因的表达水平。干扰KLF7后,EMT相关基因的表达水平降低,同时,同样的,KLF7敲低也抑制干细胞标记物的表达。WB,RT-qPCR实验和荧光实验。

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KLF7基因下调可抑制HGSOC细胞的球状形成

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接下来,就是KLF7模型蛋白的结构分析和结合位点的鉴定,模型预测,采用同源建模,软件:Modeller。预测模型的结果评估,软件:PROCHECK、VERIFY3D、 ProSA-web。虚拟筛选结合位点:SiteMap in Maestro。然后利用分子对接筛选技术筛选潜在的抑制剂。

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总之,这篇文章就是通过COX回归从KLF家族中筛选出KLF7,可能作为预后基因,然后简单的实验验证各种表型,说实话,表型有点多,让我感觉这个基因功能很多,没有去查文献,如果如此,该基因应该被研究的很多,如果没有,这篇文章中的一个表型,深入去做实验方面的文章,探究其后面的详细机制,都是能发文章。最后建立蛋白结构模型,分子对接技术筛选抑制剂,主要是为了体现后续作为治疗靶点的研究。

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