解读如何用在线数据库发5分文章

文章基本信息

解读如何用在线数据库发5分文章

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分享2019年12月发表在 Cell Proliferation杂志的一篇论著文章,全文使用网络在线数据库进行研究。2019年影响因子刚好5分。

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杂志的影响因子趋势,2018年就接近5分了,2019年5分,似乎还是很靠谱的吧。(注:影响因子查询来源于GeenMedical网站)

摘要

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文章从一个基因家族出发,然后找到一个基因觉得很重要,研究了其表达和预后情况, 请注意方法部分使用的是一系列的生物信息学工具结果我就不描述了,我不看大概也知道是那些内容。

结果分析

初步分析基因家族表达

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这一步就是Oncomine+TCGA看表达情况.

锁定目标基因验证

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从上一步分析中锁定了一个基因PKMYT1,然后就用Oncomine中的表达差异数据集提取出来验证其表达。

分析目的基因突变及预后

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进一步选择了 cBioportal,COSMIC,Kaplan-Meier数据库分析其突变,及预后。几个就是下面这样的图:

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目的基因与临床相关性

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目的基因的相关功能分析

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这个结果也很简单,两次共表达分析,挑出共同的基因,做功能富集分析。

共表达网络构建

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相关性共表达

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这个几个就是挑出来一个共表达的基因。实际上这么做的结果并没有很好。GEPIA的结果显示的R只有0.38

关联基因的表达与预后分析

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这个思路也很简单,把关联的这个基因的表达预后也拿出来研究一遍,验证。(全文到此结束了)

总结思考

• 文章全文应用生物信息学工具完成整个研究内容的分析探索,没有任何实验验证。发表在5分的杂志上。吊打了很多整了半天R语言,又是Lassso,又是SVM的各种花哨

• 所有说,做一件事情要投入自己的热情,专心致志的去做,今天学R语言,明天spss,后天SAS。搞了半天,啥也没学会,然后又开始慌。我觉得这位同学做完这一系列的工作之后是踏实的,至少他不用再去慌了。

• 当然了,说归说,要完成整个研究内容,整理数据,撰写文章,投稿,修稿。这一系列的过程肯定也有很多艰辛。

版权声明:Robin 发表于 2022年3月7日 pm7:13。
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