10月单细胞测序高分文章精选

我们在Pubmed搜索了2021/10/01—2021/10/31在Title/Abstract中出现single cell或single nucleus的文章,总数为718篇,按照影响因子篇数如下:

10月单细胞测序高分文章精选

Review:94篇

IF≥20:80篇

10<IF<20:150篇

1

肠胶质细胞调节肠道免疫和组织修复

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摘要:组织维护和修复依赖于多种细胞类型的协作。虽然上皮细胞、免疫细胞和基质细胞在肠组织完整性中的作用已被充分了解,但内在神经胶质网络的作用仍不清楚。本研究揭示了肠神经胶质细胞(EGCs)在肠道稳态、免疫和组织修复中的重要作用。研究发现用Heligmosomoides polygyrus感染小鼠会导致肠神经胶质增生和干扰素γ(IFNγ)基因上调。炎症性肠病患者的EGC中也具有IFNγ依赖性基因模块上调。对肌层单细胞转录组学分析表明,胶质细胞特异性IFNγ信号缺失会导致全组织激活促炎转录程序。此外,IFNγ-EGC信号轴的破坏增强了肌层对蠕虫的炎症和肉芽肿的反应。在机制上,Cxcl10的上调是EGCs对IFNγ信号的早期即时反应,证据表明,这种趋化因子和肌层IFNγ信号的下游扩增是测量对蠕虫炎症反应和肉芽肿消退所必需的。该研究表明,肠道胶质细胞中的IFNγ信号传导对肠道内环境稳定至关重要,并揭示了IFNγ-EGC-CXCL10轴在感染性攻击后的免疫应答和组织修复中的关键作用。

2

间充质干细胞治疗通过多种免疫调节机制

改善新冠病毒患者的预后

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摘要:用间充质干细胞(MSCs)输注冠状病毒病(COVID-19)患者可能会改善临床症状,但其潜在机制尚不清楚。本研究进行了一项随机、单盲、安慰剂对照(29名患者/组)II期临床试验,以验证先前的发现并探索潜在的机制。相比对照组,使用脐带来源的骨髓间充质干细胞治疗的患者住院时间较短,症状缓解所需时间缩短。根据胸部图像,经骨髓间充质干细胞治疗的重症患者和危重患者在第7天和第21天时均有改善。MSC治疗的患者不良事件较少。MSC输注降低了C反应蛋白、促炎细胞因子和中性粒细胞胞外陷阱(NETs)的水平,并促进了SARS-CoV-2特异性抗体的维持。为了探索骨髓间充质干细胞如何调节免疫系统,研究人员对外周血进行了单细胞RNA测序分析。分析确定了一个新的VNN2造血干/祖细胞样(HSPC样)细胞亚群,表达CSF3R和PTPRE,在MSC输注后被活化。编码趋化因子CX3CR1和L-选择素的基因在各种免疫细胞中上调。在体内外,MSC处理还调节B细胞亚群,增加T细胞中共刺激CD28的表达。此外,一项在体小鼠研究证实,骨髓间充质干细胞通过上调kindlin-3信号传导抑制NET释放,减少静脉血栓形成。总之,该研究的结果强调了骨髓间充质干细胞通过维持免疫稳态在改善COVID-19患者预后方面的作用。

3

单细胞分析揭示了与三阴性乳腺癌PD-L1

阻断反应相关的关键免疫细胞亚群

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摘要:在三阴性乳腺癌(TNBC)中,联合化疗和检查点抑制剂的益处仍然不是很清楚。本研究利用单细胞RNA和ATAC测序来检测22例接受紫杉醇或其联合抗pd - l1 atezolizumab治疗的晚期TNBC患者的免疫细胞动态。研究证明,高水平的基线CXCL13 T细胞与巨噬细胞的促炎症特征有关,并且可以预测对联合治疗的有效反应。在应答患者中,淋巴组织诱导细胞(LTi)、滤泡B细胞(Bfoc)、CXCL13 T细胞和传统的1型树突状细胞(cDC1)在联合治疗后协同增加,但在紫杉醇单药治疗后反而减少。该研究的数据强调了CXCL13 T细胞在抗PD-L1治疗有效反应中的重要性,并表明紫杉醇方案减少CXCL13 T细胞可能会影响atezolizumab联合TNBC治疗的临床结果。

4

人类小细胞肺癌图谱的可塑性、转移和免疫

抑制特征

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摘要:小细胞肺癌(SCLC)是一种侵袭性恶性肿瘤,包括ASCL1、NEUROD1和POU2F3差异表达定义的亚型(分别为SCLC-A、-N和-P)。为了确定不同亚型肿瘤及其相关微环境的异质性,本研究对21个人类生物样本的155098个转录组进行了测序,其中包括54523个SCLC转录组。研究人员观察到,在典型亚型、中间亚型和混合亚型的驱动下,小细胞肺癌的肿瘤多样性高于肺腺癌。并发现一种PLCG2高的SCLC表型,具有干细胞样、促转移的特征,在亚型间复发,并预测更差的总体生存率。与肺腺癌相比,SCLC表现出更大的免疫隔离和更少的免疫浸润,SCLC-N表现出比SCLC-A更少的免疫浸润和更大的T细胞功能障碍。总之,该研究在SCLC肿瘤中发现了一个促纤维化、免疫抑制的单核细胞/巨噬细胞群体,该群体与复发性、PLCG2高亚群特别相关。

5

多巴胺受体D2拮抗使非酒精性脂肪性肝炎

促纤维化巨噬细胞-内皮细胞串扰正常化

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背景与目的:肝纤维化是非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的主要组织学决定因素。目前,尚无有效的治疗肝纤维化的方法。虽然Hippo/YAP(Yes相关蛋白)信号对肝再生至关重要,但其异常激活常导致纤维化和肿瘤发生。阐明YAP在肝脏修复中的“特定环境”作用可能有助于选择性地绕过纤维化,并在肝脏疾病中保持YAP的促再生功能。

方法:使用小鼠肝纤维化和小型猪NASH模型、肝硬化患者的肝活检、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和G蛋白偶联受体(GPCR)配体筛选系统。

结果:在患有肝纤维化的人和小鼠的肝脏中,巨噬细胞中的YAP水平升高。巨噬细胞YAP的纤维化作用通过增强I型干扰素和减轻骨髓细胞中特异性缺乏Yap1小鼠的肝纤维化而得到证实。scRNA-Seq进一步表明,巨噬细胞中YAP通路缺陷减少了显示促纤维化分子标记(如CTGF和VCAM1表达)的纤维化血管内皮细胞亚群。为了特异性地靶向巨噬细胞中的纤维源性YAP,研究人员利用GPCR配体筛选系统并鉴定了多巴胺受体D2(DRD2)拮抗剂,该拮抗剂选择性地阻断巨噬细胞中的YAP,而不是肝细胞中的YAP。巨噬细胞DRD2的遗传和药理学靶向性可减轻肝纤维化。在再现人类病理学的大型动物(小型猪)NASH模型中,DRD2拮抗剂阻断纤维化并恢复肝结构。

结论:DRD2拮抗剂选择性地靶向巨噬细胞和CTGFVCAM1内皮细胞之间的YAP依赖性纤维化串扰,在啮齿类动物和大型动物模型中促进肝纤维化的再生。

6

胃癌谱系状态、肿瘤微环境和亚型特异性

表达程序的单细胞图谱

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摘要:胃癌(GC)异质性是疾病管理的障碍。本研究制作了一个全面的GC单细胞图谱(>200000个细胞),包括来自31名临床分期和组织学亚型患者的48个样本。研究人员鉴定了34种不同的细胞谱系状态,包括新的稀有细胞群。许多谱系状态表现出不同的癌症相关表达谱,单独促成肿瘤范围的分子拼贴;与上皮驻留KLF2相关的弥漫型肿瘤中浆细胞比例增加,以高INHBA和FAP共表达为标志的癌症相关成纤维细胞亚群得到分期累积。患者源性类器官(PDO)和原发性肿瘤之间的单细胞比较突出了谱系间和谱系内的相似性和差异,将PDO的分子边界划分为实验模型。该研究通过空间转录组学、独立批量RNA-seq队列的正交验证以及体外和体内模型的功能验证来补充这些发现,提供了跨不同GC亚型的患者内和患者间谱系状态的高分辨率分子资源。

7

皮质区域化图谱确定了动态分子特征

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摘要:人脑被细分为不同的解剖结构,包括新皮质,而新皮质又包含几十个不同的特殊皮质区域。已知早期形态发生梯度可以建立早期大脑区域和皮层区域,但早期模式如何导致更精细和更离散的空间差异仍然缺乏了解。本研究使用单细胞RNA测序来分析神经发生高峰和早期胶质发生期间的十个主要大脑结构和六个新皮质区域。在新皮质内,研究人员发现在妊娠中期早期,许多基因在不同的皮层区域内的不同细胞类型中有差异表达,包括皮质的神经祖细胞放射状胶质细胞。然而,随着放射状胶质细胞分化为中间祖细胞并最终产生兴奋性神经元,区域转录组特征的丰度增加。使用自动化、多重单分子荧光原位杂交方法,发现层流基因表达模式在皮质区域具有高度动态性。总之,该研究的数据表明,早期皮层区域模式是由强大的、相互排斥的额叶和枕叶基因表达特征定义的,在连续的发育时间点中,由此产生的梯度导致了这两个极之间区域的规范。

8

单细胞测序揭示人类慢性胰腺炎中具有

CCR6-CCL20串扰的独特免疫微环境

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目的:慢性胰腺炎(CP)是一种可能致命的胰腺外分泌疾病,目前尚无特效或有效的治疗方法。由于难以接近胰腺组织,对人类CP的局部免疫反应或发病机制知之甚少。本研究试图利用来自不同病因的CP患者和非CP器官供体的组织来描述胰腺免疫反应,以确定与人类CP相关的关键信号分子。

设计:通过对从器官供体、遗传性和特发性CP患者(接受全胰腺切除术)分离的胰腺免疫细胞进行测序和T细胞受体(TCR)测序,对转录组和表位进行单细胞水平的细胞索引。通过流式细胞术和功能分析验证了第二个CP队列患者的基因表达数据。

结果:与特发性CP相比,遗传性CP患者的深层单细胞测序显示出明显的免疫特征,CCR6 CD4 T细胞显著富集。在遗传性CP患者中,由于CD4 T(Th)细胞替代组织驻留的CD8 T细胞而增加,观察到T细胞克隆性降低。T细胞谱系间的共享TCR克隆型分析也揭示了CCR6 Th和Th1亚群之间独特的相互作用,TCR聚类分析显示遗传性CP中独特的共同抗原结合基序。与特发性CP相比,遗传性CP单核细胞中CCR6配体表达显著上调,通过流式细胞术和趋化试验证实了CD4 T细胞中CCR6表达的功能意义。

结论:人类CP中胰腺免疫细胞的单细胞测序突出了通过CCR6-CCL20轴的胰腺特异性免疫串扰,该信号通路可能被用作人类遗传性CP的潜在未来靶点。

9

单细胞转录组学显示胰腺损伤中存在保守的化生程序

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背景与目的:腺泡到导管化生(ADM)发生在胰腺组织损伤后,是腺癌的潜在前兆。本研究的目的是确定ADM引起的人群、相关的转录变化和疾病进展的标志物。

方法:用增强型黄色荧光蛋白(EYFP)对腺泡细胞进行谱系追踪,观察其损伤后的命运。使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)测定了13000多个EYFP+细胞的转录本,生成了发展轨迹。数据与胃化生、Kras诱导的肿瘤形成和人类胰腺炎进行比较。结果通过免疫染色和电子显微镜证实。Kras通过几种诱导型Cre驱动因子在损伤诱导的ADM中表达。对15例慢性胰腺炎手术标本进行免疫染色。

结果:ADM的scRNA序列显示出现了类似于胃幽门化生的粘蛋白/导管群。谱系轨迹表明,一些幽门化生细胞可以生成簇状细胞和肠内分泌细胞(EEC)。与Kras诱导的ADM相比,确定了与疾病进展相关的人群。HNF1B+或POU2F3+ADM群体中Kras表达的激活导致肿瘤性转化和MUC5AC+胃窝样细胞的形成。人类胰腺炎样本中也存在具有类似转录表型的幽门化生。

结论:在慢性损伤条件下,腺泡细胞发生幽门型化生,形成粘液祖细胞样细胞群,这些粘液祖细胞群孕育了不同的簇状细胞和EEC谱系。ADM衍生的EEC亚型多种多样。当靶向损伤诱导ADM人群产生时,Kras表达足以驱动肿瘤形成,并为肿瘤发生提供了另一种来源。该程序在人类胰腺炎中是保守的,为洞察胰腺疾病的早期事件发生提供了参考。

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甲状腺乳头状癌发生和发展的肿瘤生态系统的

单细胞转录组学分析

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摘要:甲状腺乳头状癌(PTC)的肿瘤生态系统缺乏特征。利用单细胞RNA测序,本研究分析了11名患者的旁肿瘤、局限性/晚期肿瘤、最初治疗/复发的淋巴结和放射性碘(RAI)难治性远处转移的158577个细胞的转录组,涵盖了PTC的全面临床过程。本研究的数据确定了一个形态正常但转录组改变的癌前甲状腺细胞群。沿着发展轨迹,研究人员还发现恶性甲状腺细胞的三种表型(滤泡样、部分上皮间质转化样、去分化样),它们的组成决定了大分子亚型、肿瘤特征和RAI反应。此外,还发现了一种独特的BRAF-like-B亚型,具有明显的去分化样甲状腺细胞、丰富的癌相关成纤维细胞、较差的预后和良好的免疫治疗前景。此外,PTC中潜在的血管免疫串扰为联合抗血管生成和免疫治疗提供了理论基础。总之,该研究的发现提供了对PTC生态系统的洞察,提示了潜在的预后和治疗意义。

版权声明:Robin 发表于 2022年3月7日 下午7:11。
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