文献解读,生信数据整体分析的思路

随着组学数据的发展,众多粉丝手头或多或少都握着一些组学数据结果,但面临着如何使用及成文的困难。今天,针对如何从“生信结果”构思“文章框架”的问题教给大家一些Tips。

文献解读,生信数据整体分析的思路

说实话,生信文章框架其实也是生信数据整体分析的思路。话不多说,从文章讲思路:

1.CeRNA的写作思路:以文章研究目的(探讨结直肠癌相关预后靶点)出发,从常规分析步骤及结果进行布局文章框架(差异表达基因结果→LncRNA-miRNA-mRNA关系对筛选→ceRNA调控网络构建→网络节点生存分析→预后相关基因风险模型构建),探讨该疾病的预后靶点。这也是生信文章中最为常见的文章框架模式。

拓展:不仅可以从预后靶点出发:还可以从临床特征角度:转移、耐药、复发、并发症;基因类型角度:RNA甲基化、突变、焦亡、铁死亡、炎症因子等等一类基因作为切入点,探讨这类基因与疾病的关系。

比如这篇文章:Explore prognostic marker of colorectal cancer based on ceRNA network。

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文章的思路和撰写路线如下:

技术路线

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2.风险模型分析的写作思路:文章目的:筛选能够检测淋巴结转移高危患者分子标记物。这篇文章的布局为:(公共数据联合分析筛选淋巴结转移miRNA且诊断模型构建→临床样本验证模型准确性→特殊临床样本再次验证)。文章的优点在于切入点(检测淋巴结转移高危患者靶点)具有新颖性和实用性;其次,也是最重要的,纳入了大量临床样本反复验证,让生信分析的结果在临床数据中得到了验证。这就是另一种文章框架模式:公共数据库生信初步分析+临床样本再次验证分析结果。

请看这篇案例文章:A MicroRNA Signature Identifies Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Patients at Risk for Lymph Node Metastases

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文章的思路和撰写路线如下:

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3.单细胞测序的写作思路:对于单细胞测序数据的文章,根据作者关注的切入点进行不同层面分析,但无论如何,都绕不开细胞间的作用。本篇文章目的:揭示肾透明细胞癌中瘤内异质性对肿瘤预后及身体免疫的影响。作者以瘤内细胞异质性现象及其对疾病的影响为切入点,逐步布局文章结构:癌和癌旁细胞群分类(常规分析的结果)→巨噬细胞M2极化→肿瘤微环境出现CD8+T细胞耗竭→癌细胞代谢异常→肿瘤微环境中肌成纤维细胞显著富集且异质化→肿瘤来源内皮细胞出现不同表型→免疫细胞浸润与预后相关。这又是一种文章框架:始于研究目的,基于生信分析结果,揭示疾病出现的异常现象。

请看这篇文章:Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes

文章的思路和撰写路线如下:

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版权声明:Robin 发表于 2022年3月7日 下午7:10。
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