OriginPro快速绘制火山图教程

火山图一般出现在生信或者组学的文章中,用来展示显著差异表达的基因。显著就是p值小于0.05,差异表达就是说两个基因表达的差异,一般按照Fold Change(倍数变化)≥2作为标准。

volcano_plot App

链接:https://pan.baidu.com/s/1bR3NZl7AOuqJLvnffetqCw

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数据准备
这里我给大家准备了一个练习用的数据,大家可以下载下来进行练习。
链接:https://pan.baidu.com/s/1VCM8R5FMLaR1t6KxsDwgUw
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数据介绍
这里我列了一个表格,也就是数据的表头,以此来介绍数据,方便大家理解。
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教程
1. 我们打开Origin软件,输入数据。这里我们只需要输入log2Fold Change值,以及p-adj值。(也有很多人直接使用P值直接作图,这种未校正出来的在作图之后,上调下调基因会很多,p值调节之后,基因数目会减少)
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2. 将log2Fold Change值设置为X轴
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3. 选中数据,点击火山图App
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4. 设置对应的参数,即p值为0.05,Fold Change为2
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5. 成图,那么这就是一个最原始的图谱了
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6. 我们对各个标签进行调整,右击,删除其他的标签,只剩上调下调标签。
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7. 将坐标轴也进行调整,字体统一改成Time New Rowan 字体,22号,加粗。来看一下效果。
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8. 双击图中的点,将没有显著性差异表达的设置成灰色就可以了,或者你可以设置成自己喜欢的颜色。
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9. 我们打开火山图自动生成的表格,来看一下上调基因和下调基因分别是多少,对应的行号就是上调下调的数目了。
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10. 双击图中的标签,最后标注相关信息
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11. 最终效果图
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版权声明:Robin 发表于 2022年2月27日 am4:42。
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