OriginPro快速绘制火山图教程

统计绘图1年前 (2022)发布 Robin

137 0 0

火山图一般出现在生信或者组学的文章中，用来展示显著差异表达的基因。显著就是p值小于0.05，差异表达就是说两个基因表达的差异，一般按照Fold Change(倍数变化)≥2作为标准。

volcano_plot App

链接：https://pan.baidu.com/s/1bR3NZl7AOuqJLvnffetqCw

提取码：gszw

数据准备

这里我给大家准备了一个练习用的数据，大家可以下载下来进行练习。

链接：https://pan.baidu.com/s/1VCM8R5FMLaR1t6KxsDwgUw

提取码：uh78

数据介绍

这里我列了一个表格，也就是数据的表头，以此来介绍数据，方便大家理解。

教程

1. 我们打开Origin软件，输入数据。这里我们只需要输入log2Fold Change值，以及p-adj值。（也有很多人直接使用P值直接作图，这种未校正出来的在作图之后，上调下调基因会很多，p值调节之后，基因数目会减少）

2. 将log2Fold Change值设置为X轴

3. 选中数据，点击火山图App

4. 设置对应的参数，即p值为0.05，Fold Change为2

5. 成图，那么这就是一个最原始的图谱了

6. 我们对各个标签进行调整，右击，删除其他的标签，只剩上调下调标签。

7. 将坐标轴也进行调整，字体统一改成Time New Rowan 字体，22号，加粗。来看一下效果。

8. 双击图中的点，将没有显著性差异表达的设置成灰色就可以了，或者你可以设置成自己喜欢的颜色。

9. 我们打开火山图自动生成的表格，来看一下上调基因和下调基因分别是多少，对应的行号就是上调下调的数目了。

10. 双击图中的标签，最后标注相关信息

11. 最终效果图

暂无评论

暂无评论...